1957年，获得中国科学院自然科学一等奖。

1979年，钱学森的母校加州理工学院授予他“杰出校友”的称号。1986年6月南加州华人科学家工程师协会给他授奖。1989年国际技术与技术交流大会在纽约给他授奖，他都没有去。

1991年10月，国务院、中央军委授予钱学森“国家杰出贡献科学家”荣誉称号和一级英雄模范奖章。

1995年5月，经中宣部批准及钱学森本人同意，西安交通大学将图书馆命名为钱学森图书馆，时任国家主席江泽民同志为之题写了馆名，这是中国第一所以在世科学家名字命名的图书馆，也是中国唯一一所经钱学森本人同意以钱学森命名的图书馆。该图书馆定位于科研教学的资源共享与钱学森事迹，文物展示于一体，并设置钱学森特色数据库。

1996年，钱学森在钱学森图书馆揭幕典礼上的书面发言中，深有感慨地说：从一定意义上讲，没有图书馆和资料馆，就没有今天的钱学森。

1999年，中共中央国务院、中央军委决定，授予钱学森“两弹一星功勋奖章”。

2001年，获霍英东奖金委员会颁发的第二届“霍英东杰出奖”（中国地区）。经国际小行星中心和国际小行星命名委员会审议批准，将中国科学院紫金山天文台发现的国际编号为3763号小行星，正式命名为“钱学森星”。

中国导弹之父——钱学森

2006年，荣获“中国航天事业50年最高荣誉奖”。2007年，荣获“感动中国年度人物”。

2008年01月19日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛来到钱学森家中，亲切看望这位为中国科技事业作出杰出贡献的科学家，代表党中央向他表示衷心的祝福。2009年08月06日，国家总理温家宝看望了钱学森。

2009年3月28日，他被授予“世界因你而美丽——2008影响世界华人大奖”之“终身成就最高荣誉大奖”。中共中央组织部决定雷锋、焦裕禄、王进喜、史来贺和钱学森这五位作为解放50年来在群众中享有崇高威望的共产党员的优秀代表。

2009年11月13日，第二届中国绿色发展高层论坛授予钱学森“中国绿色贡献终身成就奖”。