朱棣的生母是谁，居然还是个谜，数百年来一直扑朔迷离。中国古代正妻生的儿子称嫡子，非正妻生的儿子称庶子。正妻被称为嫡母，其它的妾被称为庶母。对帝王家来说，嫡子和庶子在名份上有重大差别。按照封建宗法制度，皇帝死了，皇位要由嫡长子继承。即使嫡长子死得早，如果嫡长子有儿子，也要由嫡长子的嫡长子来继承，其他庶子则不得觊觎。

朱棣自称是马皇后所生，是嫡子。依据是《燕王令旨》说：“顾予匪才，乃父皇太祖高皇帝亲子，后孝慈高皇后亲生，皇太子亲弟，忝居众王之长”。《明太宗实录》也说：“高皇后生五子，长懿文皇太子标，次秦愍王樉，次晋王，次上，次周定王橚。”《明史。成祖本纪》因之，云：“文皇帝讳棣，太祖第四子也。母孝慈高皇后。”

其实，经历代学者考证，明成祖的生母不是马皇后。明成祖的生母问题，不只是关系到他的身世，而且深刻地影响到他一生的行为。

有野史记载碽妃就是朱棣生母，并且正史之中也能找到应对此项推测的证据。明末何乔远之《闽书》、谈迁之《国榷》、《国史异考》、李清之《三垣笔记》中都记载过，根据是明汪宗元撰《南京太常寺志》。《南京太常寺志》中确实写明，朱棣的母亲是碽妃，而孝陵神位的摆布为左一位李淑妃，生太子朱标、秦王、晋王，右一位碽妃，生成祖朱棣。近人傅斯年、朱希祖、吴晗等也皆主此说。

另外的说法有元妃说、高丽妃说。明王世懋著《窥天外乘》记：“成祖皇帝为高皇后第四子甚明，而野史尚谓是元主妃所生。”清萨囊彻辰撰《蒙古源流》则说成祖是元主妃洪吉喇氏所生。“先是蒙古托兖特穆尔乌哈噶图汗（元顺帝）岁次戊申，汉人朱葛诺延年25岁，袭取大都城，即汗位，称为大明朱洪武汗。其乌哈噶呼图汗之第三福晋系洪吉喇特托克托太女，名格呼勒德哈屯，怀孕七月，洪武汗纳之。越三月，是岁戊申生一男。……”说得神乎其神，似乎确有其事。刘献廷在《广阳杂记》中说：“明成祖非马后子也。其母翁氏，蒙古人，以其为元顺帝之妃，故隐其事，宫中别有庙，藏神主，世世祀之，不关宗伯。有司礼太监为彭恭庵言之。余少每闻燕主故老为此说，今始信焉。“近人傅斯年所见的明人笔记，则以成祖为元顺帝高丽妃所遗之子（《明成祖生母记疑》）