袁崇焕的事迹、评论几百年来一直争论不休，正如孟森在《明本兵梁廷栋请斩袁崇焕原疏附跋》中提及，明末时期历史记载十分混乱，即使是与其耳目相关的人，其恩怨纠葛也尤其复杂。其中，主要争议的集中点是袁崇焕杀死毛文龙、是否背叛明朝政府等。

被称为明末清初五大学者之一的朱舜水参加过“反清复明”的活动，在他的著作《朱舜水集》里，将袁崇焕称为“卖国贼”，明末将领徐石麒也认为，袁崇焕表面上主战，而实际上是想主和，甚至以擒杀毛文龙的方式取信于清廷。清朝学士张廷玉在撰写《明史》时认为袁崇焕杀毛文龙是“妄杀”，计六奇在《明季北略》里认为袁崇焕虽然死的冤，但是他列十二条罪状杀毛文龙，如同秦桧以十二道金牌杀岳飞一样。

 叶恭绰等人给毛泽东的书信及毛泽东的回复 

清乾隆皇帝觉得袁崇焕的死值得怜悯，民国初年，梁启超在《袁崇焕传》中对袁崇焕大加赞赏，认为他是能影响国家安危、民族兴亡的人。1952年，北京市进行大规模的改造城市建设时，叶恭绰等联名上毛泽东，请求保护袁墓，毛泽东在回复中称袁崇焕为“明末爱国领袖”。

袁崇焕因为行事作风的问题，曾经让器重他的孙承宗大为震怒，擒杀毛文龙也是袁崇焕擅自主张。他的同事王在晋认为袁崇焕虽然死于国法，但是他的功劳不可淹没，但同时，他也认为袁崇焕的死是自取灭亡。