当时朝廷内外有一批氐族显贵，仗恃与皇室同族或“有功于本朝”等，身居要津，恣意妄为，无法无天。王猛的矛头首先对准他们。
公元359年（甘露元年），王猛刚由咸阳内史调任侍中、中书令（皆为宰相之职）、兼京兆尹（京都长官），便听说贵族大臣强德酗酒行凶，抢男霸女，但谁也不敢“太岁头上动土”因为他是皇太后的弟弟。王猛立即收捕强德，等不及奏报，便将他处死。待到苻坚因太后之故派人持赦书飞马赶到时，强德早已“陈尸于市”了！紧接着，王猛又与御史中丞邓羌通力合作，全面彻查害民乱政的公卿大夫，一鼓作气，无所顾忌，弹指之间即将横行不法的权贵二十多人铲除干净。“于是，百僚震肃，豪右屏气，路不拾遗”，令行禁止。苻坚感叹道：“直到今日我才知道天下是有法的，天子是尊贵的！”王猛又让苻坚下令挑选得力官员巡察四方及戎夷地区，查处地方官长刑罚失当和虐害百姓等劣行，整顿地方各级统治机构。
在“有罪必罚”的同时，王猛还力求做到“有才必任”。他在接受司隶校尉等新职务之前，曾力荐在职官僚苻融、任群和处士朱彤等人，使他们各得要职。灭燕后，他又很快推荐房默、房旷、崔逞、韩胤、田勰等一批关东名士担任朝官或郡县官长。“木秀于林，风必摧之”；“行高于人，众必非之”。王猛从自己的亲身经历中，对贤才遭嫉有着深刻的体会，所以他也象苻坚一样保护贤才，用才不疑。苻融为人聪辩明慧，文武出众，善断疑狱，见识远大。他曾因微过而局促不安，王猛赦而不问，信用如初。燕臣梁琛于亡国后仍然不屈其志，因而未得重用。王猛不避嫌疑，推荐他做了自己的重要僚属。反之，对居官不称职者，王猛弃之如腐鼠。伯乐再高明，遇到的千里马毕竟有限。王猛懂得，吏治和用人问题只有从制度上去考虑，才能有出路。他帮助苻坚创立了荐举赏罚制度和官吏考核新标准。其主要内容是：地方官长分科荐举名为孝悌、廉直、文学、政事的人才，上报中央；朝廷对被荐者一一加以考核，合格者分授官职；凡所荐人才名实相符者，则荐举人受赏，否则受罚；凡年禄百石谷米以上的各级官吏，必须“学通一经，才成一艺”，其不通一经一艺者统统罢官为民。荐举赏罚制度和选官新标准的规定，沉重地打击了早已成为士族垄断政权工具的九品中正制，也否定了十六国以来许多胡族军阀统治者迷信武力、蔑弃文化知识的落后观念；有效地提高了秦国各级官僚的智能素质，“才尽其用、官称其职”的新局面日益形成；社会风气和社会治安也为之一变，贿赂请托、恣意妄举的腐败现象逐渐消灭，而养廉知耻、劝业竞学之风日盛。
王猛治国的第二项重要措施是兴办教育，培养人才。在他的赞导下，前秦恢复了太学和地方各级学校，广修学宫，聘任学者执教，并强制公卿以下子孙入学。苻坚每月亲临太学一次，考问诸生经义，品评优劣，并与博士等教官讲论学问，以督察学校教育，扩大号召力和影响力。灭燕后，苻坚亲率太子、王侯公卿大夫士之长子祭祀孔子，宣扬儒教。这样，先进的汉族传统文化在北方很快得到复苏和振兴，而官僚后备队伍的培养工作也走上了正规化。
其三，调整民族关系，促进民族融合。前秦是氐族建立的国家，氐族又是少数民族中较小的一个。前秦国内存在着氐汉之间的矛盾，也存在着氐与其他少数民族的矛盾。王猛作为汉人而能尽忠于前秦政权，与苻坚名为君臣，形同兄弟，为氐汉两族的团结做出了很好的榜样。前秦废除了胡汉分治之法，确立了“黎元（百姓）应抚，夷狄应和”的基本国策，诸族杂居，互相融合。有人别有用心地建议苻坚把西北氐族各部尽迁入京城，而将关中各族大户驱逐到边地，王猛劝苻坚将其人处死。边将贾雍所部攻掠匈奴，立被罢官。于是，匈奴、鲜卑、乌桓、羌、羯诸族纷纷归服，有才干者皆被委以要职，“四夷宾服，凑集关中，四方种人，皆奇貌异色”。
其四，兴修水利，奖励农桑，努力发展社会生产。为解决关中少雨易旱问题，前秦政府征调豪富僮仆三万人开泾水上游，凿山起堤，疏通沟渠，以灌溉梯田及盐碱地，“百姓赖其利”。又通过召还流民、徙民入关等途径增加农业劳动力，并注意节约开支、降低官僚俸禄、减免部分租税，以减轻人民负担。前秦政府还经常派员巡察地方，推广先进的生产技术，奖励努力种田的农民。于是，荒芜多年的田地重长五谷，空废多年的仓库又满帛粟，前秦立国的物质基础大大增强了。
在王猛的主持下，革新措施带来了一派崭新气象。史载，当时秦境安定清平，家给人足，“自长安至于诸州，皆夹路树槐柳，二十里一亭，四十里一驿，旅行者取给于途，工商贾贩于道”。百姓歌唱道：“长安大街，杨槐葱茏；下驰华车，上栖鸾凤；英才云集，诲我百姓。”“兵强国富，垂及升平，（王）猛之力也。”王猛执政号称“公平”。他处事果断，办事讲究效率，从不拖泥带水。河北人麻思请假回故里葬母，王猛说：“您可以马上收拾行李上路，今晚我即通知沿途郡县。”待到麻思刚出潼关，就发现沿途官府均已接到通知，并照章验看其路照（行路护照），安排食宿。
王猛执政，苻坚让他裁夺一切军国内外之事，自己则“端拱于上”（端坐拱手于朝堂之上）。他曾怀着十分感激的心情对王猛说：“您日夜操劳，忧勤万机，我好像周文王得到了姜太公似的，可以优哉游哉享清福啦！”王猛说：“没想到陛下对臣评价如此之高，臣哪里配得上比拟古人."苻坚说：“据我看来，姜太公岂能比您强啊！”他经常嘱咐太子等皇家子弟说：“你们敬事王公，要像侍奉我一样！”