楚人之祖
1988年，湖北荆门包山二号楚墓，出土的竹简有这样的记载：楚人的祖先是老童、祝融、媸酓。
祝融峰
“南岳四绝”之祝融峰之高。祝融峰挺拔突起，高出芙蓉、紫盖、天柱、祥光、烟霞、轸宿诸峰之上，据新编《南岳志》载：祝融峰，海拔1289.8米，位于北纬 27度18分6，东经112度41分05，是南岳七十二峰的最高峰和主峰。它是根据火神祝融氏的名字命名的，人类发明钻木取火后却不会保存火种和不会用火，祝融氏由于跟火亲近，成了管火用火的能手。他住在衡山，死后又葬在衡山。为了纪念他对人们的重大贡献，将衡山的最高峰命名祝融峰。在古语中，“祝”是持久，“融”是光明，让他永远光明。
祝融峰顶有祝融殿，原名老圣帝殿，明万历年间（1573—1620）始建为祠。建筑是后来重新修建的，殿后岩石上装有石栏杆，北山风光尽收眼底。
在祝融殿的西边，有望月台，月明之夜，皓月临空，银光四射，景色格外明丽。游人站在台上，欣赏月色，较在平地上别有一番景象。即使月亮西沉，这里也留有它的余辉。正如明代孙应鳌的诗所描绘的：“人间朗魄已落尽，此地清光犹未低。”幽妙的情景，可以想见了。
祝融峰附近寺庙林立，其南面有上封寺，隋代以前叫光天观，是道教活动的地方。隋炀帝大业年间（605—618），下令改为上封寺。上封寺的正前方是南天门。上封寺后的山上有观日台，现设有气象台。在观日台旁边，有一块石碑，上面刻有“观日出处”四个大字，在秋高气爽，特别是雨后初晴的日子里，游人可以看到“一轮红日滚金球”的奇景。
因为牟姓起源于周朝，是火神祝融之后。据《姓氏考略》、《元和姓纂》及《风俗通》所载，牟（故城在今山东莱芜东二十里）国为周时子国，相传为祝融之裔，春秋末灭国，其后以国为氏。
祝融为上古时期掌管火的官职，起初为颛顼曾孙重黎所担任。祝融又称火正，因重黎很有功绩，能光融天下，被帝喾命名为祝融。重黎诛伐共工氏时，因没有将共工家族斩尽杀绝，而被帝喾诛杀。后帝喾命其弟吴回继任，复居火正，为祝融。吴回生子陆终，承袭此职。以后祝融由官职又演变为部落名称。其后有建立牟国者，为周时子国，牟国于春秋末灭国，亡国之后，子孙以国为氏称牟姓。由于祝融之职由吴回之后相袭，故后世牟姓大多尊祝融陆终为牟姓得姓始祖。
南海神
既然祝融兼了南海之神，当然要选择一个供他管理南海的驻地。这个地点最少要有两个条件，一是靠近南海出海口，附近有港口，方便商船的出入祭祀；二是附近有一定的人口，能常有人到庙中顶礼膜拜和供奉管理。位于南海之滨珠江口的扶胥镇（今庙头村）离广州城约80里，在珠江北岸，面临扶胥江（珠江的一段），东连狮子洋，下接虎门，背靠广州，是古代出入广州的海路交通重地，经此放洋出海，可以抵达南海各国。扶胥镇地理位置十分优越，被称为“去海不过百步，向来风涛万顷，岸临不测之渊”。这里成为建海神庙十分理想之地，于是，人们就在此建立了南海神庙，使祝融有了居所。但是，祝融身兼火水两职，衡阳南岳祝融峰才是其真正的宫殿，南墙神庙则为其离宫。事实上，南海神庙的建立，是与南北朝以来，广州地区相对稳定，经济发展较快，海上交通贸易频繁有密切关系。当时，中国和西域各国的交往，除了西北陆上丝绸之路外，海上交通迅速发展，不少海外商贾、僧人等乘舟从海上来华，中国海舶亦出洋到番国。由于海上风云变幻莫测，祈求海神保护的愿望也与日俱增，隋文帝开皇十四年下诏建南海神庙，可以说是水到渠成，适应了当时民间和官府的需要。
头门
过了“海不扬波”石牌坊，是头门的庭院，庭院东、西侧各有一对青石华表，一对石狮子，这显示出古庙的威严与不凡气度。
头门两边分立着千里眼和顺风耳，黑漆大门两边分画有唐初猛将秦琼与尉迟恭的门神彩绘像。这四位神祇日夜守护着神庙，其忠心耿耿可谓是千百年来如一日。门上方是“南海神庙”的横匾。左右对联写道：“白浪起时浪花拍天山骨折呼吸雷风；黑云去后云芽拂渚海怀开吞吐星月。”原联由清代林子觉撰写，现联由广东省著名书法家卢有光于1991年重书。这副对联生动地绘述了南海神呼风唤雨、法力无边的神力。
头门东侧有韩愈碑亭，这是南海神庙保存最早的碑刻。唐宪宗元和十二年（817年）和元和十四年（819年），孔子的第38代世孙孔戣来到广州祭扫南海神，并拨款修葺，扩建了庙宇，适逢唐代大文学家韩愈因《谏迎佛骨表》一事在元和十四年被贬往潮州时途经广州，孔、韩二人素来好友，且孔仰慕韩的文学才能，便请韩愈著文纪念修葺神庙之事。韩愈欣然写下了1000多字的《南海神广利王庙碑》。
韩愈碑高2.47米，宽为1.13米，韩愈撰文，陈谏书。韩愈碑刻对研究南海神庙的起源、发展、唐代祭海习俗及当时海上贸易往来，具有重大的参考价值。
头门西侧是北宋开宝碑亭。北来开宝四年（917年），潘仁美率军南下，灭了南汉国，平定了岭南地区。开宝六年（919年），北宋在广州设立南舶司，管理对外贸易，并拨款修葺南海神庙，希望能保佑海上交通、交易顺利。开宝碑亭主要记述了这段时期的祭祖及史事。
仪门
南海神庙第二进叫仪门，即礼仪之门。中间的门只供高官贵族进出，其他官阶低或普通人只能走侧门。仪门门口还有一对石鼓，鼓脚用石头雕刻了鸟雀、梅花鹿、蜜蜂和猴子四种动物，其谐言是“爵禄封侯”之意，祈望来此拜祭南海神的人都能够升官发财。仪门上方是一刻有“圣德咸沾”的横匾。对联是“镇海神休永，司南庙貌崇”。
从仪门庭院到第四进大殿的东西两侧，各有一条复廊，廊中陈列了自唐、宋、元、明、清各代碑刻共45块，除了头门韩愈碑、宋开宝碑外，庙内著名的碑还有明洪武碑，清康熙碑，等等。南海神庙的这些历代诗碑、石刻，对研究中国古代书法艺术、神庙的历史渊源都起到十分重大的作用。因此南海神庙又被誉称为“南方碑林”。
相传唐朝时，古波罗国有来华朝贡使，回程时经过广州到南海神庙，登庙谒南海神，并将从古波罗国带来的两颗波罗树种子种在庙中，他因迷恋庙中秀丽的景致，流连忘返，因而误了返程的海船。其人于是望江悲泣，并举左手于额前作望海状，希望海船回来载他，后来立化在海边。人们认为朝贡使是来自海上丝绸之路的友好使者，即将其厚葬，并按他生前左手举额前望海舶归状，塑像祀于南海神庙中，并给他穿上中国的衣冠，封为达奚司空，宋高宗绍兴年间，还封达奚为助利候。由于他是波罗国来的人，又在庙中植下波罗树，还天天盼波罗国船回来载他返国，所以村民俗称此像为“番鬼望波罗”，神庙也因此被称为“波罗庙”了。明代憨山禅师有一首咏达奚司空诗，写得十分生动和贴切。诗云：
临流斫额思何穷，西去孤帆望眼空。
屹立有心归故国，奋飞无翼御长风。
忧悲钟鼓愁王膳，束缚衣冠苦汉容。
慰尔不须怀旧上，皇天雨露自来同。
关于达奚司空的身份，历来亦有不少人考证。唐朝时期。广州的海外贸易已非常繁盛，不少外国人亦来华经商。以上关于波罗树、波罗庙以及达奚司空的传说，充分反映了唐宋以来的广州对外贸易繁荣、中外友好往来频繁的史实。
礼亭
出了仪门，就进入了第三进的礼亭。礼亭是古代官员拜祭南海神的地方。这是一座木结构建筑，单檐歇山顶，面阔与进深各3间。
第三进中最引人注目的是庭园西侧的康熙御碑亭。碑上“万里波澄”四个金色大字豪迈奔放。在阳光的映照下熠熠生辉。这是清康熙四十二年（1703年）由康熙皇帝亲笔书写，制成匾之后派专人送到南海神庙，并专门为此而立碑记事。
庭园东侧是明洪武御碑。该碑立于洪武三年（1370年），由明太祖朱元障授意，礼部情郎王玮撰文。朱元障因繁就简，取消南海神庙以往一切封号，重新加封南海神为“南海之神”。
这两块御碑前各栽种的一株古木棉树，据说已有二三百年的历史了。在古代，南海神庙树木葱茏，光是木棉树就有10多株。岭南著名诗人屈大均当年就曾在《广东新语》一书中将南海神庙的木棉树比喻为“十丈珊瑚”。两株当然是后人补种的。由于栽种历史年代久远，它们均被列为广州的古树名木。
大殿
礼亭的背后是南海神庙中规格最高，也是最重要的建筑物。
大殿是南海神庙的第四进。它是仿明代木结构琉璃瓦歇山顶建筑。屋顶用绿色的琉璃瓦覆盖；中间有双凤飞翔、鳌鱼倒悬等纹饰的琉璃瓦脊；上部有两条躯体弯曲作腾飞疾走状的苍龙造型，它正在争夺当中的宝珠。据说，双凤代表美丽，整鱼代表自由，苍龙代表权力，而宝珠代表智慧。
大殿正中安放了连座3．8米高的南海神祝融。他头戴王冠，身着龙袍，手执玉圭，体态丰硕，神情却十分端庄，一派和蔼的王者风度。
大殿左右两旁有六侯塑像。据说这六个人都是为南海神治理海上风云而各自立下大功的，因此在“多神教”的道教寺庙中争得立足之地。他们分别是达奚司空为助利侯、杜公司空为助惠侯、巡海曹将军为济应侯、巡海提点使为顺应侯、王子一郎为辅灵侯、王子二郎为赞宁侯。
大殿东侧还有一面著名的东汉大铜鼓和一个明代的铁钟。铜鼓直径138厘米，高71．4厘米，厚0．4至0．6厘米，是一件极为珍贵的文物，仅次于广西、上海的大铜鼓，在中国现存大铜鼓中排位是第三。它是东汉时期铸造，鼓面正中太阳芒纹，鼓边原镶有6只铜蛙，不知怎的现已失散殆尽。其鼓身有圆形的方孔钱纹和云纹。大铜鼓是古越族人祭祀的重要礼器，代表着权力和地位。这面铜鼓除在神诞庆典中使用之外，据说它还有镇妖、定海的作用。
祝融像的背后有一块照壁，浩荡的海水上有一条龙腾云驾雾，两边有对联：“顺水千舟朝洪圣；伏波万里显真龙。”
昭灵宫
第五进叫昭灵宫，也叫做后殿，是南海神夫人的寝宫。南海神夫人在宋朝时期被封为“明顺夫人”。据说她原来是顺德的一个养蚕女子，后化为神，许配给了南海神。她除了具有与南海神一样的法力外，还有“送嗣”的职能，是妇女、儿童的保护神。
浴日亭
在南海神庙西侧，有一座小山丘，古时叫做章丘。这大约10多米高的山上有一座小亭。唐宋时这里是三面环水，“前临大海，茫然无际”，人立亭中，当然是观赏海景、对大海抒怀的最佳位置。
据有关史书记载，古代这山岗的阶梯共108级，但如今仅余72级岗阶了。这里东连狮子洋，烟波浩渺，夜幕渐退，红霞初现，万顷碧波顿时染上一层金光，一轮红日从海上冉冉升起之际，有一半仍沉在大海之中，吞吞吐吐，此景象壮观极了——这就是历史上宋元羊城八景之一的“扶胥浴日”。难怪当时有众多的文人墨客游完南海神庙，喜欢黄昏泛舟于此，第二天拂晓时分才登上古亭观日出呢！
北宋绍圣初年（1094年），大文豪苏东坡被贬至岭南途中，在广州停留，慕名拜祭南海神。他登上浴日亭，惊叹这大海的壮阔，太阳的辉煌，天地的浩茫，庙宇的古朴，便感怀身世地写下了“南海浴日亭”一诗：“剑气峥嵘夜插天，瑞光明灭到黄湾。坐看旸谷浮金晕，遥想钱塘涌雪山。正觉苍凉苏病骨，更烦沆瀣洗衰颜。忽惊鸟动行人起，飞上千峰紫翠间。”
诗因亭作，亭也因诗威。有好事者将苏东坡所吟之诗刻到石碑上以作留念。碑立亭中，亭也因而叫做浴日亭。后名声渐渐远播，更有许多文人墨客慕名而来观赏“海中浴日（因神庙古时叫波罗庙，故又叫为“波罗浴日”），亦留下不少与苏东坡应和的诗句。其中最著名的是明人陈献章的《浴日亭和苏东坡韵》一诗。诗是这样写的：“残月无光水拍天，渔舟数点到湾前。赤腾空洞昨霄日，翠展苍茫何处山。顾影末须悲鹤发，负暄可以献龙颜。谁能手抱阳和去，散入千岩万壑间。”
后人同样也将陈献章的诗凿刻立碑。现两诗碑并存亭内。
南海神庙像是一位历史老人，亲眼见证西汉以来海上丝绸之路发源于广州的历史，神庙真不愧是广州对外交通和对外贸易繁荣的一个缩影。它集我国的宗教、古建筑、书法、雕刻、诸种文学艺术于一体，具有较高的历史价值与旅游价值。
广州市政府已制定了南海神庙开发的总体规划，即将实施。整个规划占地44万平方米，将恢复“古扶胥一条街”，在“海不扬波”石牌坊前，恢复古码头与海景，并开辟水道通珠江。还将筹建“南海海上丝绸之路博物馆”。建成后，游人可在此遨游极其壮观的海上丝绸之路的风情胜景，发思古之幽情。
古扶胥运河
中国的京杭大运河和连接汀江与珠江的灵渠已早为人知，然而在南粤之滨，扶胥之江有条古运河，知道的人恐怕就不多了。
古时候，珠江水面辽阔，浩似大海，故广州人往往称轮渡过江为过海，又称江边长堤为海皮（边）。而位于广州东面南海 神庙前的珠江口，更被称为大海了。这里海面风浪较大，如果遇着恶劣天气，更是白浪排空，汹涛浪涌，情景吓人。来往于东江与珠江的小船，只有风平浪静的日子才能平安无事。
为了解决小船不经珠江口水域便可来往于东江和珠江之间，唐代时，有人在神庙不远的地方，即黄埔发电厂东侧开凿了一条古扶胥运河。运河宽10丈多，经志成围、穗东联围到东江横沥出东江，全程10多公里长。古扶胥运河把黄木湾与东江连接起来，缩短了珠江到东江的航程，百吨以下的小船可以全天候来往于两江之间，而不再受珠江风浪之苦了。
运河开凿后，大船小船都喜欢选择这一航道。因此，运河河道热闹非凡，长年不衰。运河功能一直延续至今，它也是广州海上丝绸之路的一段美好的插曲。