诚然，自唐以来三教合流已是一股强大的潮流，但三教的彼此攻伐却从未停止过。元朝时有儒士论及三教，说佛是黄金，仙是白玉，儒是粮食，指出金玉虽贵，但有它无多，无它不少，而社会不可一日无粮。这个视佛、道如金玉的比喻背后隐藏着对佛、道的贬斥。张三丰倡三教同一之说，实际上是为道教辩护，替“邪道”开脱。他只承认有正邪之别，否认有三教之分，所谓三教不过是创始人不同而已。他说，儒、佛、道都讲道，它们的社会功用都是“修身利人”，“儒离此道不成儒，佛离此道不成佛，仙离此道不成仙”，儒家“行道济时”，佛家“悟道觉世”虽然教义偏颇但也有良做，道家“藏道度人”，同孔子一样，老子所传的也是“正心修身治国平天下”的理论。儒家修养人道，仙家修炼仙道。张三丰把二者联系起来，以修人道为炼仙道的基础，强调无论贵贱贤愚，老衰少壮，只要素行阴德，仁慈悲悯，忠孝信诚，全于人道，离仙道也就自然不远了。他巧妙地把道家的内炼思想同儒家的道德学说合在一起，说：“人能修正身心，则真精真神聚其中，大才大德出其中。”
张三丰把儒家倡导的仁义与道家炼丹的铅汞画等号，称“仙家铅汞即仁义的种子”。在他那里，阴阳家五行的金木水火土、儒家五德的仁义礼智信和人体五经的肝肺心脾肾是一一对应的。他在《五德篇》中说：“仁属木也，肝也;义属金也，肺也;礼属火也，心也；智属水也，肾也；信属土也，脾也。”心有五德，身有五经，天地有五行，皆缺一不可，心无仁者必无养育之念，其肝已绝，而木为之槁枯；无义者必无权宜之思，其肺已绝，而金为之朽钝；无礼者必无光明之色，真心已绝，而火为之衰熄;无智者必无清澄之意，其肾已绝，而水为之昏涸;无信者必无交孚之情，其脾已绝，而土为之分崩。所以说“德包乎身，身包乎心，身为心用，心以德明，是身即心，是心即身，是五德即五经，德失经失，德成身成，身成经成，而后可以参赞天地之五行”。
以下为举例：
无根树，花正幽，贪恋荣华谁肯休。浮生事，苦海舟，荡来飘去不自由。
无岸无边难泊系，常在鱼龙险处游。肯回首，是岸头，莫待风波坏了舟。
丹词开宗指出人生贪恋荣华富贵，犹如在苦海里漂泊，时常处在危险之中，规劝世人要超脱名利，及时修
炼，“莫待风波坏了舟”。
无根树，花正微，树老重新接嫩枝。梅寄柳，桑接梨，传与修真作样儿。
自古神仙栽接法，大老原来有药医。访明师，问方儿，下手速修犹太迟。
这诗针对年老体衰者提出，如果老年不自暴自弃，炼好精气神三宝，以性接命，仍然可以返老还童。
无根树，花正青，花酒神仙古到今。烟花寨，酒肉林，不断荤腥不犯淫。
犯淫丧失长生宝，酒肉穿肠道在心。打开门，说与君，无花无酒道不成。
后代对这首词的理解很不一致。一些人抓住末句“无花无酒道不成”，说张三丰为酒色神仙；而张三丰的崇拜者则把“花酒”解释为人身元气，并非实指烟花酒肉。其中“不断荤腥不犯淫”和“犯淫丧失长生宝，酒肉穿肠道在心”倒似主张戒淫不戒酒。
无根树，花正孤，借问阴阳得类无?雄鸡卵，难抢雏，背了阴阳造化炉。
女子无夫为怨女，男子无妻为旷夫。叹迷途，太模糊，静坐孤修气转枯。
张三丰以雌雄、夫妻的浅显道理说明阴阳相抢的深奥理论，从而指出不能孤修性或命，而必须性（心理）命（生理）双修。
无根树，花正圆，结果收成滋味全。如朱橘，似弹丸，护守提防莫放闲。
学些草木收头法，复命归根还本原。选灵地，结道庵，会合先天了大还。
描绘还丹的景象，点明只要毫不懈怠地修炼，即可把精气神融合在一起，结成貌似朱橘、弹丸的纯阳之物，就能返璞归真了。无根树，花正双，龙虎登坛战一场。铅投汞，配阴阳，法象玄珠无价偿。此是家园真种子，返老还童寿命长。上天堂，极乐方，免得轮回见阎王。此言阴阳相配、三宝合炼之法。如果性情持聚，精神凝结，阴阳相配，一气混合，就完全可以达到返老还童、延年益寿的修炼目的。
无根树，花正奇，月里栽培片晌时。挚云手，步云梯，采取先天第一枝。
饮酒戴花神气爽，笑煞仙翁醉似泥。托心知，谨护持，惟恐炉中火候飞。
这一首则主张采取口诀在乎性定情忘，回光返照，进而真气自生，渐入佳境，就好像戴仙花、饮仙酒，其乐无穷。但是，得药入炉又需要便宜温养，神明默运，谨守护持，一意不散，否则就会火候差失，炉毁丹飞。张三丰在内丹修持的各个环节，诸如戒欲、采药、炼药等各有一首词加以阐述。就其内容而言，可以说没有超乎前人的独到之处。但是，他却突破了长期以来道学文字艰深玄奥的规束，把魏伯阳《参同契》、陈转《无极图》、张伯端《悟真篇》的炼形、保精、调神、运气、归真还原等修真理论以通俗易懂的歌词形式表现出来，这便是张三丰在促进道教思想传播方面的贡献。后世道众因此对他的《无根树》推崇备至，说它“吐老庄之秘密，续钟吕之心传”，不少道教宗师不厌无根树其烦地对《无根树》进行注释阐发，其中以清代龙门派传人刘一明和内丹西派始祖李西月的注释最为详实和精到。对张三丰本人道教也极为崇拜。明清时出现的道教派别几乎都同张三丰有联系，宝鸡三丰派、武当三丰派、王屋山三丰派、三丰自然派、三丰蓬莱派、三丰日新派等相继出现。据统计，清末时奉张三丰为祖师的道派就达17个之多。其中不乏影响较大的派别，如道光年间李西月自称遇张三丰亲授秘诀，讲道纳徒，活跃于四川乐山一带，创立了当时最大的道派之一。