哲学思想
据《史记》记载庄周“其学无所不窥，然其要本归于老子之言 ，故其著书十万余言，大抵率寓言也”。庄周喜托寓言以广其意，“东施效颦”、“邯郸学步”等著名寓言就出自他的著作。他在哲学思想上继承和发展了老子“道法自然”的观点，使道家真正成为一个学派，他也成为了道家的重要代表人物。
庄子在哲学上，继承发展了老子的思想，认为“道”是客观真实的存在，把“道”视为宇宙万物的本源。他说：“道之真以修身，其绪余以为国家，其土苴以为天下。”(《庄子·让王篇》)意思是，大道的真髓、精华用以修身，它的余绪用以治理国家，它的糟粕用以教化天下。又说：“无以人灭天，无以故灭命，无以得殉名，谨守而勿失，是谓友其真。”(《庄子·秋水篇》)意思是，不要为了人工而毁灭天然，不要为了世故去毁灭性命，不要为了贪得去身殉名利，谨守天道而不离失，这就是返朴归真。
他继承和发展老子“道法自然”的观点，认为“道”是无限的、“自本子根”、“无所不在”的，强调事物的自生自化，否认有神的主宰。提出“通天下一气耳”和“人之生气之聚也，聚则为生，散则为死。”他的思想包含着朴素辨证法因素。他认为“道”是“先天生地”的，从“道未始封”(即“道”是无界限差别的)。他看到一切事物都处在“无动而不变，无时而不移”中，却忽视了事物质的稳定性和差别性，认为“天下莫大于秋毫之末，而泰山为小；莫寿乎殇子，而彭祖为夭”。
他认为，天人之间、物我之间、生死之间以至万物，只存在着无条件的同一，即绝对的“齐”；主张齐物我、齐是非、齐生死、齐贵贱，幻想一种“天地与我并生，万物与我为一”的主观精神境界，安时处顺，逍遥自得，而学“道”的最后归宿，也唯有泯除一切差异，从“有待”进入“无待”。在思辩方法上，把相对主义绝对化，转向神秘的诡辩主义。
庄子"著书十余万言，大抵率寓言也"，现存的《庄子》有三十三篇，其中内篇七，外篇十五，杂篇十一，文字雄美，想象丰富，跌宕起伏，妙趣横生，善于通过寓言故事来说理。《庄子》一书不但反映了庄周的哲学思想，而且显示了他卓越的文学才华。
处世哲学
庄子认为人活在世上须旷达处之泰然，如“游于羿之彀（gòu）中，中央者，中地也；然而不中者，命也”（《内篇·德充符》），羿,“古之善射者，夫利害相攻则天下皆羿也”，彀指利害得失，“故免乎弓矢之害者，自以为巧，欣然多己，及至不免，则自恨其谬而志伤神辱，斯未能达命之情者也”，中与不中而“知不可奈何而安之若命，唯有德者能之”（《内篇·德充符》）。对于君主的残暴，庄子是一再强调的，“回闻卫君，其年壮，其行独；轻用其国，而不见其过；轻用民死，死者以国量乎泽若蕉，民其无如矣。”。所以庄子不愿去做官，因为他认为伴君如伴虎，只能“顺”。“汝不知夫养虎者乎！不敢以生物与之，为其杀之之怒也；不敢以全物与之，为其决之之怒；时其饥饱，达其怒心。虎之与人异类而媚养己者，顺也；故其杀者，逆也。还要防止马屁拍到马脚上，“夫爱马者，以筐盛矢，以蜄盛溺。适有蚊虻仆缘，而拊之不时，则缺衔毁首碎胸。”伴君之难，可见一斑。庄子认为人生应该追求自由。
《庄子·养生主》：“吾生也有涯，而知也无涯，以有涯随无涯，殆（危险）已！”从而他主张“保身全生”。
政治思想
庄子和儒墨有一点很大的不同，儒家墨家推崇圣人，而道家则反对推崇圣贤。老子说：“不尚贤，使民不争。不贵难得之货，使民不为盗。”，“绝圣弃智，民利百倍；绝仁弃义，民复孝慈；绝巧弃利，盗贼无有。“《庄子·胠箧》：“世俗之所谓智者，有不为大盗积者乎？所谓圣者，有不为大盗守者乎？何以知其然邪？……田成子一旦杀齐君而盗其国，所盗者岂独其国邪？并与其圣知之法而盗之。故田成子有乎盗贼之名，而身尧舜之安，小国不敢非，大国不敢诛，专有齐国。则是不乃盗齐国，并与其圣知之法以守其盗贼之身乎？”“圣人生而大盗起”。“圣人已死，则大盗不起，天下平而无故矣。”“窃钩者诛，窃国者为诸侯，诸侯之门而仁义存焉”。“绝圣弃知，大盗乃止。擿玉毁珠，小盗不起；焚符破玺，而民朴鄙。掊斗折衡，而民不争”。搞乱六律，销毁竽、瑟，塞住瞽旷的耳朵，天下人才内敛其聪慧；消灭文饰，拆散五采，粘住离朱的眼睛，天下的人才内藏他的明敏。毁坏钩绳，抛弃规矩，折断工倕的手指，天下人才隐匿他的技巧。铲除曾参、史鱼的行为，封住杨朱、墨翟的口舌，排斥仁义，天下人的德性才能达到玄同齐一的境地。人人的明慧、聪敏、知巧、德性，都内含而不炫耀于世，天下就不会迷乱、邪僻了。
庄子反对“人为”，理想的社会是所谓“至德之世”。《庄子·应帝王》：“南海之帝为儵，北海之帝为忽，中央之帝为浑沌。儵与忽谋报浑沌之德，曰：‘人皆有七窍以视听食息。此独无，尝试凿之，’日凿一窍，七日而浑沌死。”这是主张自然，反对人为的寓言。
另外，庄子反对儒家的等级观念，儒家说“君君臣臣父父子子”，庄子认为“道通为一”，认为道在万物，万物平等。
文学思想
庄子主张“天人合一”和“清静无为”。他的学说涵盖着当时社会生活的方方面面，但精神还是皈依于老子的哲学。庄子曾做过漆园吏，生活贫穷困顿，却鄙弃荣华富贵、权势名利，力图在乱世保持独立的人格，追求逍遥无恃的精神自由。对于庄子在中国文学史和思想史上的重要贡献，封建帝王尤为重视，在唐开元二十五年庄子被诏号为“南华真人”，后人即称之为“南华真人”，被道教隐宗妙真道奉为开宗祖师，视其为太乙救苦天尊的化身。《庄子》一书也被称为《南华真经》。其文章具有浓厚的浪漫色彩，对后世文学有深远影响。
庄子的散文在先秦诸子中独具风格，大量采用并虚构寓言故事，想象奇特，形象生动。此外，还善于运用各种譬喻，活泼风趣，睿智深刻。文章随意流出，汪洋恣肆，奇趣横生。总体来说，庄子散文极具浪漫主义风格，在古代散文中罕有其比，赢得无数文人学士的仰慕。
游世思想
游世思想是庄子思想中一个重要的部分。《庄子》三十三篇中，大多数篇章都涉及这个以游戏态度解脱人生痛苦的主题，尤其以内七篇谈得深入集中。古代人谈论庄子比较重视游世思想。有人甚至说，“游”这个字就是一部《庄子》的中心。1） 现代庄子研究，比较重视道论而轻视游世思想。这一方面是因为现代学术研究有特定的问题意识，另一方面，也是因为游世思想似乎只是提出一种回避矛盾的消极主张，有点乏善可陈。当然，学术界非常重视“逍遥游”，但这是因为“逍遥游”涉及“追求精神自由”这一通常引起人们敬意的话题。所以谈“逍遥游”实质是谈精神自由问题。“游世”作为一种游戏人间的生存态度，则较少有人予以重视。
可是游世却是庄子思想的重要部分，尤其在内篇七篇，游世几乎是核心思想。游世思想的内涵相当复杂。庄子一方面是以故意的玩世不恭态度，继承了隐者传统的心情灰暗的主题叙述，就是以轻视现实和躲避矛盾，来保护一种弱意义的生存欲求。可是另一方面，庄子又认为在这样黑暗的存在背景中，隐者传统意义的个人出路是根本不可能的。所以，庄子干脆把一种故意不肯负责任的游戏态度贯彻到底，不仅游戏地对待现实世界，而且游戏地对待个人生死，游戏地对待人生一切可能的期待，传统隐者始终小心翼翼保护着的软弱的个人生存渴望被庄子戏谑地扔进黑暗的游戏世界之中。因此，在庄子游世思想中实际上隐含着一个新的主题，这就是以带有自嘲意味的自我放逐心情，来与一个黑暗的世界对抗。这里的对抗不是正面反抗，而是摆出一切皆不在乎的姿态，直视黑暗世界任何可能的恶意摆布，并且以对这种恶意摆布的戏谑的欢迎，表达对这个黑暗世界的嘲讽。游世思想这一隐蔽的主题，与寻求个人内心安宁的传统的自我保护主题，在庄子文中并不是截然分开的两种叙述，而是混合在同一种词句奇诡变化的叙述之中。两种主题都是真实的，可是相比之下，以彻底的戏弄姿态对抗和嘲讽的主题，更深刻地表达了庄子对人在天地之间无路可走这一绝望处境所作的回答。研究庄子思想如果忽略游世，将无从理解庄学的灵魂。