孙思邈的卒年，《旧唐书·孙思邈传》谓“永淳元年卒”。《新唐书·孙思邈传 孙思邈》则称“永淳初，卒”。按唐高宗永淳年号仅为二年，永淳元年为公元682年，亦即永淳初年，两《唐书》对此并无抵牾，古今学者基本上均从此说。
有人提到唐人刘肃（元和，<公元806——820年>）所撰《大唐新语》中所谓孙氏“永徽初卒”之说，南唐沈汾《续仙传》更谓孙氏卒于永徽二年（公元652年）二月十五日之语，因而有所质疑。
我们认为，尽管孙思邈在其《备急千金要方》和《千金翼方》著作中明确提到其自身活动的年代记载，最晚只见永徽二年（公元650年）为一功臣治疗箭矢不出痼疾；尽管两《唐书》孙传所述孙氏生平有不少疑误，显庆（公元656——661年）见高宗召见孙氏，两《唐书》及《唐会要》均有类同记载，孙氏从高宗去九成宫，卢照邻与其同居于光德坊府第等，……均可证明（《大唐新语》）之说为谬。尤其是涉及唐朝早期帝王的活动。据《廿二史札记》作者研究，多为搜集参考了该时期诸帝《实录》所撰，故显庆时高宗召见思邈，孙氏从卒九成宫以至于永淳初是可信的。
对于孙思邈的生年，虽然截至目前，国内外学者多从581年之说，但仍存在有不同观点，主要有：
生于公元581年
清·纪晓岚《四库全书总目提要》谓：“《唐书·隐逸传》称其‘少时，周洛州刺史孙思邈画像，独孤信称为圣童；及长，隐居太白山。隋文帝辅政，以国子博士徵，不起。’则思邈生于周朝，入隋已长；然卢照邻《病梨树赋序》称‘癸酉岁于长安见思邈，自云开皇辛酉岁生，今年九十二’，则思邈生于隋朝。照邻乃思邈之弟子，记其师言，必不妄。惟以《隋书》考之，开皇纪号凡二十年，止于庚申，次年辛酉。已改元仁寿，与史殊不相符。又由唐高宗咸亨四年癸酉上推九十二年，为开皇二年壬寅，实非辛酉，干支亦不相应。然自癸酉上推九十三年，正得开皇元年辛丑，盖照邻集传伪异，以辛丑为辛酉，以九十三为九十二也。史又称思邈卒于永淳元年，年百余岁，自是年上推至开皇辛丑，正一百二年，数岁相合，则生于周后，隐居不仕之说，为史误审矣。”
依照纪晓岚上述观点，则孙思邈当生于隋文帝开皇元年辛丑（公元581年），卒于唐高宗永淳元年壬午（公元682年），享年101岁。
生于公元560年以前
费得道《中国医学史略》认为两唐书孙传所谓孙氏在周宣帝时因王室多故而隐居太白山以及杨坚辅政时徵孙氏为国子博士，孙氏称病不起等史料，推论孙思邈在578——579年间至少年逾弱冠，如此，孙氏应在公元560年以前诞生，其享年应为120岁以上。史仲序、张志远氏主张类似此说。
生于公元557年
一说孙思邈的生年在北周孝闵帝元年（541）左右，卒年仍为永淳元年，享年一百四十一岁。其主要根据是：一，依《旧唐书·孙思邈传》，北周宣帝时孙思邈以王室多故，隐居太白山。隋文帝杨坚辅政，征为国子博士，但孙思邈称疾不出仕。按周宣帝即位于建德七年（578），次年禅位于静帝，而杨坚辅政是在大象二年（580），故孙思邈生于开皇元年的说法令人怀疑。二，魏徵等于唐太宗贞观时奉诏修齐、梁、陈、周、隋五代史，曾屡次询访孙思邈，而他“口以传授，有如目睹”。按修史人员如姚思廉生于557年，李百药生于565年，他们熟知前代史事，难道还会一再询访比自己小一、二十岁的孙思邈？三，《旧唐书·孙思邈传》说：“询之乡里，咸云数百人，话周、齐间事，历历如眼见，以此参之，不百岁人矣。”据史推之，孙思邈当生于557年左右，则列传中的有关史事大多可以讲通。若其的确卒于永淳元年，那么孙思邈的享年应为一百二十余岁。他精通医术，善于保养，长寿是有可能的。
生于公元541年
马伯英等均持此说。他们的主要观点是：过去史家认为辛酉实为辛丑之误，以及将照邻《病梨树赋序》中“今年孙思邈像九十二”改为“今年九十三”等论据不足且不够可靠，并指出以《北史》、《周书》中无独孤信任洛州总管记载，而否定隐居太白山，被赞为神童，杨坚征召等三条史料是难以信服的。马伯英等氏等则认为孙氏自云“开皇辛酉岁生”是其闪烁之词，隋文帝系梁·大同七年（公元541年）生，恰为辛酉，以开皇年号谑代帝讳，其全句可理解为“我是与开皇皇帝同年即辛酉年（公元541年）出生的。”他们认为以此推论，则独孤信赞“圣童”（可能在550——556年间回长安期间），杨坚征召、魏徵修史请教于孙氏等史料均可得到解释。郭霭春亦主公元541年之说。依此而论，孙氏当享年141岁。
生于515年或518年
黄竹斋《医仙妙应孙真人传》，认为独孤信赞称孙思邈为“神童”，应为独孤信受命入关抚岳（贺拔岳）余众的梁中大通六年（公元534年），此时孙思邈年已弱冠，向上推十九年，故孙氏生年则当在梁天监十四年（公元515年），永淳元年卒，则享年168岁。于此观点相近者为清·刘毓松所著《通义堂文集·千金方考》，据其推算，独孤信评品孙氏的时间为梁`·大同三年（公元537）至大同四年（公元538年）之间，当时孙适满20岁，自此上溯20年，当生于北魏神黾元年至二年之内（公元518——519年），如此，孙氏享年为164——165岁。