《三国志》评曰：“华佗之医诊，杜夔之声乐，朱建平之相术，周宣之相梦，三国志12 华佗画像管辂之术筮，诚皆玄妙之殊巧，非常之绝技矣。昔史迁著扁鹊、仓公、日者之传，所以广异闻而表奇事也。故存录云尔。”（《三国志》评）

《后汉书》记载荀彧曾说：“佗方术实工，人命所悬，宜加全宥。”（《后汉书》评）  

华佗是中国医学史上为数不多的杰出外科医生之一，他善用麻醉、针、灸等方法，并擅长开胸破腹的外科手术。外科手术的方法并非建立在“尊儒”的文化基础上的中医学的主流治法，在儒家的“身体发肤，受之父母”的主张之下，外科手术在中医学当中并没有大规模的发展起来。有些医史学家考证出，华佗所用的治疗方法在印度医学中有所记载，他使用的麻沸散中主要药物“蔓陀罗花”也是印度所产，因此他们提出华佗一生游历于中原各地，他很有可能是来自印度的天竺医生。这种说法有一定的参考价值。（中国网评）

中医外科远在汉代，就曾经达到过相当高的水平，但随着时间的推移和中医学在理论和实践方法上的不断进步，大部分的疾病都可以通过针灸、药物等治疗方法达到治愈的效果，而这些痛苦大、损伤重、伤经断络的外科方法就渐渐被更加“文明”和“简便”的内治法取代了。在这种条件下，中医学同样得到了长足的发展，许多其它医学不得不承认它超越的科学性和其理论的精妙深远。

华佗的医书虽然被全部焚毁，但他的学术思想却并未完全消亡，尤其是华佗在中药研究方面。其弟子吴普则是著名的药学家，《吴普本草》的很多内容都可以在后世医书中看到。