早年经历

西汉景、武年间（时间不详），在黄河龙门的一个小康之家中，司马迁出生了。司马迁的祖父司马喜在汉文帝诏入栗米受爵位以实边卒的政策下，用四千石栗米换取了九等五大夫的爵位，因此全家得以免于徭役。

年幼的司马迁在父亲司马谈的指导下习字读书，十岁时已能阅读诵习古文《尚书》、《左传》、《国语》、《系本》等书。汉武帝建元年间，司马谈到京师长安任太史令一职，而司马迁则留在龙门老家，身体力行，持续着耕读放牧的生涯。

学游天下

稍稍年长之后，司马迁离开了龙门故乡，来到京城父亲的身边。此时司马迁已学有小成，司马谈便指示司马迁遍访河山去搜集遗闻古事，网罗放失旧闻。去司马迁在二十岁时开始游历天下，他从京师长安出发东南行，出武关至宛。南下襄樊到江陵。渡江，溯沅水至湘西，然后折向东南到九疑。窥九疑后北上长沙，到旧罗屈原沉渊处凭吊，越洞庭，出长江，顺流东下。登庐山，观禹疏九江，展转到钱塘。上会稽，探禹穴。还吴游观春申君宫室。上姑苏，望五湖。之后，北上渡江，过淮阴，至临淄、曲阜，考察了齐鲁地区文化，观孔子留下的遗风，受困于鄱、薛、彭城，然后沿着秦汉之际风起云涌的历史人物故乡，楚汉相争的战场，经彭城，历沛、丰、砀、睢阳，至梁（今河南开封），回到长安时任太史令的父亲司马谈身边。

回朝为官

因为父亲司马谈的缘故，司马迁回京后得以仕为郎中。

汉武帝元鼎六年（前111年），驰义侯授命平定西南夷，中郎将郭昌、卫广率八校尉之兵攻破且兰，平南夷。夜郎震恐，自请入朝称臣。汉军又诛邛君，杀笮侯，冉震恐，请臣置吏。随后汉武帝在西南夷设置武都、牂柯、越巂、沈黎、文山五郡。而此时正随汉武帝东行巡幸缑氏的司马迁在继唐蒙、司马相如、公孙弘之后，再次出使西南，被派往巴、蜀以南筹划新郡的建设。随后又抚定了邛、榨、昆明，在第二年回朝向武帝覆命。

父授遗命

汉武帝元封元年（前110年）春天，汉武帝东巡渤海返回的路上在泰山举行封禅大典。作为参与制定封禅礼仪官员的司马谈却因病留滞在周南（今洛阳）未能继续前行，更因此而心中愤懑以致病情加重。奉使西征的司马迁在完成任务后立即赶往泰山参加封禅大典，行到洛阳却见到了命垂旦夕的父亲。

弥留之际的司马谈对司马迁说：“我们的祖先是周朝的太史。远在上古虞舜夏禹时就取得过显赫的功名，主管天文工作。后来衰落了，难道要断送在我这裹吗？你继为太史，就可以接续我们祖先的事业了。如今天子继承汉朝千年一统的大业，到泰山封禅，而我不得从行，这是命中注定的啊！我死以后，你一定会做太史；做了太史，你千万不要忘记我要编写的论着啊。况且孝，是从侍奉双亲开始的，中间经过事奉君主，最终能够在社会上立足，扬名于后世，光耀父母，这是孝中最主要的。天下称颂周公，是说他能够歌颂周文王、武王的功德，宣扬周、召的遣风，使人懂得周太王、王季的思想以及公刘的功业，以使始祖后稷受到尊崇。周幽王、厉王以后，王道衰落，礼乐损坏，孔子研究、整理旧有的文献典籍，振兴被废弃了的王道和礼乐。整理《诗》、《书》，著作《春秋》，直到今天，学者们仍以此为法则。从鲁哀公获麟到现在四百多年了，其间由于诸侯兼并混战，史书丢散、记载中断。如今汉朝兴起，海内统一，贤明的君主，忠义的臣子的事迹，我作为太史而不予评论记载，中断了国家的历史文献，对此我感到十分不安，你可要记在心里啊！”司马迁低下头流着泪说：“小子虽然不聪敏，但是一定把父亲编纂历史的计划全部完成，不敢有丝毫的缺漏。”

私淑古今贤

因为在长安任职，又缝“汉之得人，于兹为盛”的汉武盛世，司马迁得以结识汇聚于长安的天下贤能之士。包括贾谊之孙贾嘉，公孙季功（或为公孙弘），樊哙之孙樊他广，平原君朱建之子，冯唐之子冯遂，田叔少子田仁，梁人壶遂，杜陵苏建等。然而，对司马迁影响最大的莫过于董仲舒与孔安国。

司马迁与上大夫壶遂讨论文学之时曾说过：“我听董生说：‘周朝王道衰败废弛，孔子担任鲁国司寇，诸侯害他，卿大夫阻挠他。孔子知道自己的意见不被采纳，政治主张无法实行，便褒贬评定二百四十二年间的是非，作为天下评判是非的标准，贬抑无道的天子，斥责为非的诸侯，声讨乱政的大夫，为使国家政事通达而已’”。而纵观《史记》可知董仲舒之公羊学对司马迁的影响主要为：其一，公羊家颂扬汤武革命，主张以有道伐无道，成为《史记》反暴政的思想基础；其二，公羊家"尊王攘夷"，主张"大一统"的思想，成为《史记》贯串全书的主要观念；其三，公羊家崇让、尚耻之义是《史记》褒贬历史人物的道德标准。

因孔安国为孔子后人，家中有当世失逸的《古文尚书》十余篇，并兼通今古文学。故而司马迁亦尝就《古文尚书》问故于孔安国 ，学习古文经学的故训，以及别择古文资料的古文学，掌握考信历史的方法。而《古文尚书》作为整个古文学的核心，司马迁写上古三代史亦从中作了大量的引用。

司马迁曾在《史记·孔子世家》给给予孔子“高山仰止，景行行止。”的高度赞扬。 其亦吸收孔子学说和六艺经传的精华，效法孔子精神，继《春秋》作《史记》，完成一代大典。

讨论改历

汉武帝太初元年（前104年），汉朝自建立以来已经102年了。汉室建立之初，诸事草创，大部分都沿袭了秦朝的制作。历法则采用了较为贴近的《颛顼历》。尽管如此，《颛顼历》对朔、晦的计算亦与实际情况相异。 于是时任太史令的司马迁和大中大夫公孙卿以及壶遂等人向汉武帝进言说：“《颛顼历》已经不适合现·在的情况了，因该重新定制历法。”。而御史大夫儿宽恰好懂得经学，汉武帝便命令儿宽去与众博士商议修改历法等事情 。并于同年，命令公孙卿、壶遂、司马迁、侍郎尊、大典星射姓等人讨论定制《汉历》。

遭受腐刑

汉武帝天汉二年（前99年），武帝想让李陵为出酒泉击匈奴右贤王的贰师将军李广利护送辎重。李陵谢绝，并自请步兵五千涉单于庭以寡击众，武帝赞赏李陵的勇气并答应了他。 然而，李陵行至浚稽山时却遭遇匈奴单于之兵，路博德援兵不到，匈奴之兵却越聚越多，粮尽矢绝之后，李陵最终降敌。武帝愤怒，群臣皆声讨李陵的罪过，唯有司马迁说：“李陵侍奉亲人孝敬，与士人有信，一向怀着报国之心。他只领了五千步兵，吸引了匈奴全部的力量，杀敌一万多，虽然战败降敌，其功可以抵过，我看李陵并非真心降敌，他是活下来想找机会回报汉朝的。”然而，随着公孙敖迎李陵未功，谎报李陵为匈奴练兵以期反击汉朝之后，武帝族了李陵家，而司马迁也以“欲沮贰师，为陵游说”被定为诬罔罪名。诬罔之罪为大不敬之罪，按律当斩。

面对大辟之刑，慕义而死，虽名节可保，然书未成，名未立，这一死如九牛亡一毛，与蝼蚁之死无异。想到文王拘于囚室而推演《周易》，仲尼困厄之时著作《春秋》，屈原放逐才赋有《离骚》，左丘失明乃有《国语》，孙膑遭膑脚之刑后修兵法，吕不韦被贬属地才有《吕氏春秋》传世，韩非被囚秦国，作《说难》和《孤愤》，《诗》三百篇，大概都是贤士圣人发泄愤懑而作。终于，在那个“臧获婢妾犹能引决”的时代，司马迁毅然选择了以腐刑赎身死。至此，司马迁背负着父亲穷尽一生也未能完成的理想，面对极刑而无怯色。在坚忍与屈辱中，完成那个属于太史公的使命。

史记得传

司马迁有一个女儿嫁给杨敞。杨敞在汉昭帝刘弗陵时期，曾官至宰相。杨敞有两个儿子，也就是司马迁的女儿给杨家生的两个儿子，大儿子杨忠，小儿子杨恽。杨恽自幼聪颖好学，他的母亲把自己珍藏着的并且深爱着的《史记》，拿出来给他阅读。杨恽初读此书，便被书中的内容吸引住了，爱不释手，一字字、一篇篇，非常用心地把它读完。杨恽成年之后，还把它读了好几遍，每读一遍总是热泪盈眶，扼腕叹息。在汉宣帝的时候，杨恽被封为平通侯，这时候他看到当时朝政清明，想到他的外祖父司马迁这部巨著正是重见天日的时候，于是上书汉宣帝，把《史记》献了出来，从此天下人得以共读这部伟大的史著。